Nachádza sa na chóre a je ním píšťalový trojmanuálový organ - jeden z najväčších na Slovensku. Dňa 7. decembra tento kráľovský nástroj rozozvučali skladby, ktoré odzneli na adventnom organovom koncerte. Na koncerte zaznelo 7 skladieb v podaní dvoch organistov. O úvodné slovo ku každej skladbe sa postaral miestny farár. Krásu niektorých skladieb podčiarkoval aj husľový sprievod. Hra na organe nie je jednoduchá a vyžaduje dlhšiu prípravu ako iné nástroje. Organ v Papradne prešiel v roku 2011 rozsiahlou opravou a odvtedy sprevádzal veriacich počas takmer každej svätej omše. Po smrti dlhoročného domáceho organistu, znejú píšťaly organa menej často. Aby nestíchol úplne, záujemcovia majú možnosť naučiť sa ňom hrať v organovej škole, ktorú vedie Marián Marček. Na organe je možné zahrať od najjemnejších tónov až po grandiózne plénum organu, ktoré dokážu rozozvučať celý kostol, čo sa využíva nielen počas bohoslužieb, ale aj takýchto organových koncertov.
